COPADEN est structuré autour des 12 départements suivants :
- Gouvernance, Communication et Mobilisation
- Changements climatiques et Services météorologiques
- Agriculture, Pêcherie et Production animale
- Biodiversité et Écosystème
- Protection et intendance de l’environnement
- Assainissement et gestion des eaux
- Infrastructure et Génie de l’environnement
- Santé et environnement
- Ressources naturelles, Géomatique et affaires universitaires
- Énergies renouvelables et technologies environnementales
- Développement durable et économie circulaire
- Évaluation environnementale et enjeux émergents